MTHFR rs1801131 – A1298C (qPCR)

Opis

Wyrób MTHFR rs1801131 – A1298C (qPCR) służy do genotypowania polimorfizmu rs1801131położonego w obrębie ludzkiego genu MTHFR kodujący reduktazę metylenotetrahydrofolianu (ang. methylenetetrahydrofolate reductase, MTHFR). Materiałem do analizy są preparaty DNA zawierające ludzki materiał genetyczny.

Cechy produktu

Wielkość zestawu: 100 reakcji

Reakcja: dyskryminacja alleliczna z użyciem sond Taqman (FAM: allel typu dzikiego, HEX: allel niosący mutację A1298C)

Oznaczenie: jakościowe/ilościowe

Badany genom: człowieka (Homo sapiens)

Składniki zestawu:

• Mieszanina reakcyjna: zawiera polimerazę DNA, sondy i startery oraz inne składniki reakcji qPCR;
• Kontrole pozytywnie dla obydwu wykrywanych alleli;
• Kontrola negatywna;
• Woda PCR-grade;

Zasada działania produktu

Wyrób MTHFR rs1801131 – A1298C (qPCR) opiera się na technice genotypowania z użyciem sond Taqman. Fragment DNA otaczający polimorfizm rs1801131 jest namnażany przez parę starterów i wykrywany przez parę sond Taqman. Sonda znakowana barwnikiem FAM jest komplementarna do regionu DNA zawierającego tyminę (allel typu dzikiego, allel T), natomiast sonda znakowana barwnikiem HEX – do regionu DNA o sekwencji zawierającej guaninę (allel zmutowany, allel G).

Podczas reakcji sondy te konkurują ze sobą o związanie się do matrycy. Sonda, która jest w 100% homologiczna do nici DNA wiąże się z nią preferencyjnie w stosunku do sondy alternatywnej. W miarę postępu reakcji pojawia się silny sygnał dla sondy w pełni homologicznej i słaby sygnał dla sondy alternatywnej. Genotyp próbki określa się przez porównanie stosunku intensywności sygnałów między dwoma kanałami (FAM i HEX). Dla próbek homozygotycznych otrzymuje się silny sygnał na jednym kanale i słaby na drugim kanale. W przypadku próbek heterozygotycznych, które zawierają miejsca wiązania dla każdej z sond, otrzymuje się sygnał pośredni na obydwu kanałach.

Opis polimorfizmu rs1801131

Polimorfizm rs1801131 skutkuje transwersją A->C w pozycji 1298 mRNA MTHFR. Prowadzi ona do zamiany kwasu glutaminowego na alaninę w pozycji 429 białka MTHFR. Stąd też polimorfizm ten jest znany jako A1298C lub E429A. Zamiana kwasu glutaminowego na alaninę powoduje obniżenie aktywności reduktazy metylenothtrahydrofolianu. U heterozygot EA aktywność MTHFR jest obniżona o 8-40% w stosunku do osób o genotypie EE. Natomiast u homozygot aktywność enzymu jest obniżona o ok. 40-48%. Według obecnej nomenklatury w bazie dbSNP (NCBI) polimorfizm rs1801131 polega na zamianie nukleotydu tymidynowego w guaninowy (T->G) w pozycji 11794419 chromosomu 1. Wynika to z faktu, że gen MTHFR jest kodowany przez nić komplementarną chromosomu 1.

Polimorfizm rs1801131 wraz z polimorfizmem rs1801133, również skutkującym obniżoną aktywnością MTHFR, powiązano z wieloma zaburzeniami, m.in.:

• hiperhomocysteinemia (nienormalnie wysoki poziom homocysteiny we krwi lub moczu);
• choroby układu krążenia (choroba niedokrwienna serca, zakrzepy krwi, udar i zawał serca);
• nieprawidłowości wrodzone: (wady cewy nerwowej, małogłowie);
• demencja;
• choroby psychiczne (osoby z wariantem genu MTHFR mogą być bardziej narażone na depresję);
• toksyczność polekowa: osoby z wariantem genu MTHFR mogą być obarczone większym ryzykiem toksyczności ze strony leków wpływających na homeostazę kwasu foliowego, takich jak metotreksat (MTX);
• neuropatia obwodowa (uszkodzenia nerwów).