Opis
Wyrób KPC/NDM/OXA-48 carbapenemase (qPCR) służy do oznaczania sekwencji genów kodujących karbapenemazy KPC, NDM oraz OXA-48 w preparatach DNA uzyskanych z materiału pobranego od człowieka.
Cechy produktu
Wielkość zestawu: 100 oznaczeń
Reakcja: fourplex (FAM: karbapenemazy z grupy KPC, HEX: kontrola wewnętrzna, Texas Red: karbapenemazy z grupy NDM, Cy5: karbapenemazy z grupy OXA-48)
Kontrola wewnętrzna: egzogenna/endogenna
Oznaczenie: jakościowe/ilościowe
Składniki zestawu:
- Mieszanina reakcyjna: zawiera polimerazę DNA, sondy i startery oraz inne składniki reakcji qPCR;
- Kontrola pozytywna;
- Kontrola negatywna;
- Woda PCR-grade;
- Kontrola wewnętrzna
Oporność na karbapeny
Najczęstszym mechanizmem oporności pałeczek Enterobacterales na karbapenemy jest produkcja karbapenemaz, do których należą głównie KPC, NDM, VIM, IMP i OXA-48-like. Większość z nich jest kodowana na plazmidach. W związku z tym geny oporności na karbapenemy łatwo rozprzestrzeniają się poprzez poziomy transfer genów. Innym mniej powszechnym mechanizmem oporności na karbapenemy jest połączenie ekspresji beta-laktamaz o rozszerzonym spektrum (ESBL) lub AmpC i utraty poryn lub nadmiernej ekspresji pomp wypływowych.
Pałeczki oporne na karbapenemy (CRE, carbapenem-resistant Enterobacterales) w wyniku pierwszego mechanizmu określane są mianem CRE produkujących karbapenemazy (CP-CRE). Natomiast Enterobakteriales oporne na karbapenemy w wyniku drugiego mechanizmu określa się mianem CRE nieprodukujących karbapenemazy (non-CP-CRE).
Karbapenemazy KPC, NDM i OXA-48
Wszystkie trzy typy oznaczanych karbapenemaz należą do β-laktamaz zaliczanych odpowiednio do klasy A, B oraz D. Klasa A jest największą pod względem liczby typów i wariantów kategorią β-laktamaz. Enzymy typu KPC posiadają w tej klasie zdecydowanie największe znaczenie kliniczne i epidemiologiczne. Klasa B β-laktamaz, do której należy NDM stanowi najbardziej odrębną linię ewolucyjno-strukturalną tych enzymów, a w jej specyfice funkcjonalnej najbardziej wyróżniają się zależność od jonów cynku i naturalna zdolność do hydrolizy karbapenemów. Klasa D jest najbardziej zróżnicowaną kategorią β-laktamaz pod względem ewolucyjno-strukturalnym, a ponieważ większość tych enzymów najlepiej hydrolizuje penicyliny izoksazolilowe (oksacylinę i kloksacylinę), przyjęło się je nazywać oksacylinazami (OXA).
KPC
Enzymy typu KPC są jednym z trzech najpowszechniejszych rodzajów karbapenemaz u Enterobacterales. Pierwszy szczep wytwarzający karbapenemazę KPC (KPC-2) wyizolowano w USA w 1996 r. Nazwę „KPC” zaczerpnięto od gatunku Klebsiella pneumoniae (ang. Klebsiella pneumoniae carbapenemase) i choć już wkrótce enzymy te identyfikowano u innych Enterobacterales, a z czasem innych bakterii Gram-ujemnych, to zasadniczo K. pneumoniae pozostaje ich dominującym producentem. Aktywność β-laktamaz KPC obejmuje praktycznie wszystkie klasyczne rodzaje β-laktamów, czyli penicyliny, cefalosporyny I-IV generacji, monobaktamy i karbapenemy. Jedynymi wśród nich słabymi substratami są cefoksytyna i ceftazydym.
NDM
Do β-laktamaz klasy B (MBL) zalecza się kilka grup karbapenemaz: NMD, IMP oraz VIM. Spektrum substratowe zdecydowanej większości β-laktamaz klasy B jest obszerne i obejmuje też penicyliny i cefalosporyny I-IV generacji, a jedyną grupą klasycznych β-laktamów, które z definicji nie ulegają hydrolizie są monobaktamy, czyli aztreonam. MBL nie są hamowane przez inhibitory β-laktamowe, takie jak klawulanian, sulbaktam i tazobaktam. Spośród wprowadzonych ostatnio, nowych cefalosporyn V generacji, jedynie cefiderokol wykazuje aktywność in vitro w stosunku do szczepów MBL.
Pierwszego członka karbapenemaz z grupy NDM po raz pierwszy zidentyfikowano w 2008 roku w izolacie Klebsiella pneumoniae pobranym od szwedzkiego pacjenta hospitalizowanego w Indiach. Od miejsca odkrycia tej grupy enzymów wywodzi się ich nazwa: NDM, New Delhi metallo-β-lactamase.
OXA-48
Karbapenemazy typu OXA należą do β-laktamaz klasy D. Enzymy z tej grupy określa się również jako karbapenemazy CHDL (ang. carbapenem-hydrolyzing Class D β-lactamases). Karbapenemazy CHDL zidentyfikowano jako enzymy własne niektórych drobnoustrojów. Są to przede wszystkim gatunki z rodzajów Acinetobacter, Shewanella i Aeromonas.
Zdecydowanie najważniejszymi CHDL u Enterobacterales są enzymy typu OXA-48, a zwłaszcza ich pierwszy poznany wariant, który nadał nazwę całej rodzinie. Pierwszy szczep K. pneumoniae wytwarzający OXA-48 wyizolowano w Turcji w 2001 r. Wkrótce po tym pojawiły się doniesienia o zidentyfikowaniu tego enzymu w izolatach różnych gatunków Enterobacterales. W większości przypadków były to gatunki K. pneumoniae, E. coli i kompleksu E. cloacae pobranych z różnych obszarów geograficznych, takich jak Turcja, kraje Afryki północnej i Europa Zachodnia.
