Escherichia coli pathotypes (qPCR)

Opis

Wyrób Escherichia coli pathotypes (qPCR) służy do oznaczania sekwencji charakterystycznych dla patotypów Escherichia coli: ETEC, EPEC, EIEC, EAEC oraz EHEC/STEC w preparatach DNA uzyskanych z posiewów na podłożu hodowlanym.

Cechy produktu

Wielkość zestawu: 100 oznaczeń

Reakcja_1: triplex (FAM: marker estA, HEX: kontrola wewnętrzna (marker uidA), Texas Red: marker eltB)

Reakcja_2: triplex (FAM: marker aggR, HEX: kontrola wewnętrzna (marker uidA), Texas Red: marker ipaH)

Reakcja_3: triplex (FAM: marker eae, HEX: kontrola wewnętrzna (marker uidA), Texas Red: marker bfpA)

Reakcja_4: fourplex (FAM: marker stx1, HEX: kontrola wewnętrzna (marker uidA), Texas Red: marker stx2, Cy5: marker rfbE_O157)

Kontrola wewnętrzna: egzogenna/endogenna

Oznaczenie: jakościowe/ilościowe

Składniki zestawu:

• Mieszanina reakcyjna: zawiera polimerazę DNA, sondy i startery oraz inne składniki reakcji qPCR;
• Kontrola pozytywna;
• Kontrola negatywna;
• Woda PCR-grade

Opis patotypów Escherichia coli

Escherichia coli (pałeczka okrężnicy) jest względnie beztlenową bakterią należącą do rodziny Enterobacteriaceae. Jest symbiontem wchodzącym w skład mikrobiomu jelitowego jelita grubego zwierząt stałocieplnych, w tym człowieka. W jelicie pałeczka okrężnicy pełni pożyteczną rolę uczestnicząc w rozkładzie pokarmu. Przyczynia się również do produkcji witamin z grupy B i K. Escherichia coli w określonych warunkach wykazuje chorobotwórczość dla człowieka i zwierząt wywołując głównie schorzenia układu pokarmowego i moczowego.

Szczególnie poważne zagrożenie dla ludzi i zwierząt stanowią szczepy powodujące biegunkę. Wyróżnia się sześć patotypów E. coli wywołujących biegunkę (DEC – Diarrhoeagenic E. coli):

• ETEC (szczep enterotoksynogenny)
• EPEC (szczep enteropatogenny)
• EIEC (szczep enteroinwazyjny)
• EAEC/EAggEC (szczep enteroagregacyjny)
• EHEC, VTEC(szczep enterokrwotoczny, szczep werotoksyczny)
• STEC (szczep produkujący toksynę Shiga)

Escherichia coli jest najczęściej identyfikowanym gatunkiem chorobotwórczym przenoszonym przez żywność i powodującym biegunkę u dzieci. Biegunki pozostają drugą co do częstości przyczyną śmiertelności i zachorowalności na świecie. Główne obciążenie tą chorobą występuje u dzieci w Azji Południowej, Azji Południowo-Wschodniej i Afryce. Również w przypadku zwierząt przyjmuje się, że około połowa padnięć zwierząt młodych jest spowodowana kolibakteriozami.

Identyfikacja wywołujących biegunkę patotypów E. coli jest złożona, ponieważ wariantów patogennych nie można oddzielić od komensalnej E. coli wyłącznie na podstawie hodowli mikrobiologicznej. Konieczne są do tego analizy na poziomie molekularnym.