Zaloguj się, aby zobaczyć ceny
Podane ceny są cenami netto
Wyrób BRCA1 rs80357914 – 185delAG (qPCR) służy do genotypowania polimorfizmu rs80357914 położonego w obrębie ludzkiego genu BRCA1 kodującego białko uczestniczące w naprawie DNA i zaliczane do supresorów nowotworowych (Breast cancer type 1 susceptibility protein). Materiałem do analizy są preparaty DNA zawierające ludzki materiał genetyczny.
Wielkość zestawu: 100 reakcji
Reakcja: dyskryminacja alleliczna z użyciem sond Taqman (FAM: allel typu dzikiego, HEX: allel niosący mutację 185delAG)
Oznaczenie: jakościowe/ilościowe
Badany genom: człowieka (Homo sapiens)
Składniki zestawu:
Wyrób BRCA1 rs80357914 – 185delCT (qPCR) opiera się na technice genotypowania z użyciem sond Taqman. Fragment DNA otaczający polimorfizm rs80357914 jest namnażany prze parę starterów i wykrywany przez parę sond Taqman. Sonda znakowana barwnikiem FAM jest komplementarna do sekwencji zawierającej sekwencję CTCT (allel typu dzikiego, allel CT), natomiast sonda znakowana barwnikiem HEX – do sekwencji zawierającej delecję delCT (allel zmutowany, allel delCT).
Podczas reakcji sondy te konkurują ze sobą o związanie się do matrycy. Sonda, która jest w 100% homologiczna do nici DNA wiąże się z nią preferencyjnie w stosunku do sondy alternatywnej. W miarę postępu reakcji pojawia się silny sygnał dla sondy w pełni homologicznej i słaby sygnał dla sondy alternatywnej. Genotyp próbki określa się przez porównanie stosunku intensywności sygnałów między dwoma kanałami (FAM i HEX). Dla próbek homozygotycznych otrzymuje się silny sygnał na jednym kanale i słaby na drugim kanale. W przypadku próbek heterozygotycznych, które zawierają miejsca wiązania dla każdej z sond, otrzymuje się sygnał pośredni na obydwu kanałach.
Polimorfizm rs80357914 (mutacja 185delAG) polega na delecji dinukleotydu CT. Allel typu dzikiego posiada sekwencję CTCT (nukleotydy 43124028-43124031 na chromosomie 17). Allel alternatywny to CT (delCT). Delecja prowadzi do zamiany ramki odczytu (mutacja typu frameshift) i powstawania niefunkcjonalnego produktu białkowego. Alternatywne nazwy mutacji 185delAG to c.66_67delAG, c.68_69delAG i p.Leu22_Glu23LeuValfs. Odmienna nomenklatura polimorfizmu rs80357914 (delCT) w stosunku do nomenklatury mutacji w obrębie genu (delAG) wynika z tego, że gen BRCA1 jest położony na chromosomie w orientacji przeciwnej do numeracji chromosomu.
W bazie dbSNP (NCBI) mutacja delCT została oryginalnie opisana pod numerem rs796856605. Polimorfizm rs796856605 został w 2017 r. połączony z polimorfizmem rs386833395. Ten z kolei w 2018r. został scalony z polimorfizmem rs80357914, który oryginalnie został opisany jako duplikacja dinukleotydu CT. Allel alternatywny (dupCT) posiada sekwencję CTCTCT. Zatem polimorfizm rs80357914 posiada trzy warianty alleliczne: allel typu dzikiego (CTCT), allel delecyjny (delCT) o sekwencji CT oraz allel insercyjny (insCT) o sekwencji CTCTCT.
Mutacja 185delAG jest związana ze zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka piersi lub raka jajnika. Szacuje się, że ryzyko zachorowania na jeden z tych typów nowotworów u kobiet, które odziedziczyły allel delCT wynosi 90%. Częstość występowania tego allelu jest szczególnie wysoka u żydów aszkenazyjskich zamieszkujących Europę Środkową, Wschodnią i częściowo Zachodnią, a od XVII wieku również Amerykę. Ok. 1% osób z tej populacji posiada allel delCT. Jednocześnie jedna trzecia, a nawet połowa przypadków raka piersi u kobiet z tej populacji jest związana z obecnością allelu delCT.
